由于大多现代中药没有明确的分子靶点，有些作用机制尚不清楚，大多是在一些疾病模型上部分验证了治疗作用，基本停留在国外20世纪60~70年代的筛药水平，因此，从研发水平上难以被国际医药主流学术界和工业界所接受。山东烟台大学药学院院长刘珂教授在“基于传统草药的新药研发”的大会报告中，指出了现代中药研发的不足，强调现代中药研发必须明确分子靶点。
他谈到，由于不能确立分子靶点，许多中药的研发无法遵循现代新药发明从先导发现、先导优化到备选药物的主要历程，系统构效关系的研究也几乎不可能进行，因此不能评价先导系列对靶点的亲和性和选择性，无法保证让最优秀的化学实体进入临床研究。这也是大多数已开发的现代中药在临床表现上大多不如国外上市新药的主要原因。此外，由于现代中药缺乏系统的临床前ADME（吸收、分布、代谢、清除）研究，大多二类口服中药在基本的生物利用度都不清楚的情况下就进入临床研究，导致是现代中药临床表现不稳定。
刘珂教授认为，一个新靶点的提出及其临床价值，只有在Ⅱ期临床结束后才能下初步结论。近年来，采用分子生物学技术产生的新药靶点如雨后春笋，但临床淘汰率极高，这也是靶点依赖性药物的缺点。而采取逆向思维，在临床有效的前提下，找到新的作用靶点，显然成功率极高。因此，从临床有效的中药中找到新的药物靶点的可能性极大。此外，也可从相近治疗领域中已知的分子靶点中鉴定现代中药主要作用的靶点，从细胞-分子-基因水平三个层面确认药物的直接作用而非间接作用靶点。
他说，在靶点鉴定无误的前提下，细胞生物学方法和生物化学方法都可以作为优化产物的评价方法。由于被评价的分子骨架基本相同，体外评价因可量化、干扰因素少而较体内评价更有优势来反映未来临床的表现。另外，构效关系研究在优化中占有重要地位，而中药中的二级次生代谢物往往已经提供了天然的先导系列。
